สำนักงานสภามหาวิทยาลัยได้เริ่มต้นและพัฒนามาจากงานประชุมและพิธีการ กองกลาง สำนักงานอธิการบดี โดยได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย (ก.ม.) ให้จัดตั้งเป็น “งาน” ในกองกลาง เมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2519 เพื่อรับผิดชอบงานเลขานุการของที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย และที่ประชุมคณบดีเป็นภารกิจหลัก
ในปี พ.ศ. 2551 มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ได้ปรับเปลี่ยนฐานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ จึงมีการปรับโครงสร้างส่วนงานต่างๆ ใหม่ และได้จัดตั้ง “สำนักงานสภามหาวิทยาลัย” ขึ้น โดยให้มีฐานะเป็นส่วนงานหนึ่งของมหาวิทยาลัย เพื่อทำหน้าที่บริหารและธุรการ ขึ้นตรงต่อสภามหาวิทยาลัยและมีหัวหน้าสำนักงานสภามหาวิทยาลัยทำหน้าที่เป็นผู้บริหารสำนักงาน ตามบทบัญญัติมาตรา 11 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ พ.ศ. 2551 โดยวิธีการย้ายบุคลากรจาก “งานประชุมและพิธีการ” กองกลาง สำนักงานอธิการบดี (ปัจจุบันปรับเป็นสำนักงานมหาวิทยาลัย) มาปฏิบัติงาน เพื่อให้เกิดความต่อเนื่องในการดำเนินงาน และได้แบ่งหน่วยงานภายในเป็น 2 งาน คือ งานบริหารธุรการทั่วไป และงานนโยบายและประเมินผล โดยมีอำนาจหน้าที่ตามที่กำหนดในประกาศมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เรื่อง การแบ่งและกำหนดอำนาจหน้าที่ของสำนักงานสภามหาวิทยาลัย พ.ศ. 2551
ในปีพ.ศ. 2560 มหาวิทยาลัยได้เพิ่มพันธกิจใหม่ให้กับสำนักงานสภามหาวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ โดยมอบหมายให้รับผิดชอบเกี่ยวกับการบริหารความเสี่ยงและการควบคุมภายในของมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ทั้งในระดับมหาวิทยาลัยและระดับส่วนงาน และในคราวประชุมสภามหาวิทยาลัยครั้งที่ 8/2560 เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2560 จึงได้อนุมัติให้สำนักงานสภามหาวิทยาลัยแบ่งหน่วยงานภายในเป็น 3 งาน คือ (1) งานบริหารธุรการทั่วไป (2) งานนโยบายและประเมินผล และ(3) งานบริหารความเสี่ยง ตามประกาศมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เรื่องการแบ่งงานและกำหนดอำนาจและหน้าที่ของงานในสำนักงานสภามหาวิทยาลัย พ.ศ. 2560